فیلم «ماجرای نیمروز» پس از برکناری «بنی صدر» از مقام ریاست جمهوری در سال های نخست انقلاب روایت می شود که سازمان مجاهدین، اقدام به عملیات تروریستی و ایجاد نا امنی در کشور نموده است. در این میان پنج جوان حزب الهی در سازمان اطلاعات سپاه که هنوز به شکل تشکیلاتی پا نگرفته، مشغول به کار هستند و به دنبال نابودی اعضای منافقین، مسئول دفاع از مردم و انقلاب می شوند.
